Nació en Cremona en el año 1970, se diplomó en órgano y clave.
En 1998 le concedieron el primer premio en el Concurso Internacional de ´
Órgano de Pasian di Prato (Udine) y en el Concurso Nacional de Viterbo (Edición de 1996). Además ha sido el ganador de numerosos concursos nacionales e internacionales, como el de Brujas (Bélgica) y el prestigioso Paul Hofhaimer de Innsbruck.
Colabora también con músicos de fama internacional como D. Fasolis, A. Marcon, G. Carmignola y Stefano Montanari.
Ha grabado para Christophorus, Tactus, Deutsche Grammophon. Desde el año 2003 trabaja exclusivamente con la casa discográfica Divox , bien como solista (4 CD dedicados a la música para órgano de Claudio Merulo) o como director de I Virtuosi delle Muse, conjunto que él mismo fundó, dedicado al repertorio y al redescubrimiento de la música vocal e instrumental, especialmente italiana y alemana de los siglos XVII y XVIII.
Molardi ha sido aclamado por la crítica por sus grabaciones más recientes (Amadeus, Early music, Crescendo) e importantes reconocimientos internacionales (5 "diapasons" de la revista homónima francesa, 5 estrellas de Goldberg, 5 estrellas y CD del mes de Amadeus).
Fundado en Cremona en el año 2002, I Virtuosi delle Muse se ha convertido en uno de los conjuntos internacionales de referencia gracias a la ejecución con instrumentos originales de una práctica históricamente reconocida.
Dirigido por Stefano Molardi, en colaboración con el Konzertmeister Jonathan Guyonnet, el grupo se distingue por el rigor y la sensibilidad del método interpretativo, moviéndose desde Monteverdi a Mozart. Conjunto creado con el propósito de interpretar el repertorio vocal-instrumental italiano y alemán de los siglos XVII-XVIII, usando los instrumentos del período y recreando los aspectos estilísticos de la ejecución antigua.
Objeto de excelentes valoraciones, el empeño en la música de I Virtuosi se aprecia también notablemente en el terreno discográfico, donde ha recibido prestigiosos reconocimientos por parte de la crítica especializada (5 estrellas Goldberg, Crescendo Premium, Early Music), y también en el de la promoción de la liutaría clásica italiana bajo la tutela de la Asociación Liutaria Italiana. l Virtuosi delle Muse graban desde el 2005 para el sello Divox.